शिर्डी पहुँचने के लिए पिछले करीब 108 सालो से साईं भक्त मनमाड और कोपरगाव रेलवे स्टेशन का इस्तेमाल करते आ रहे हैं। मनमाड स्टेशन पर पहली रेलगाडी सन 1900 में पहुँच गई थी और मुंबई से शिर्डी को जोड़ने के लिए एक पैसेंजर रेलगाडी साईं भक्तो को कोपरगाव स्टेशन पर छोड़ती थी। कोपरगाव से शिर्डी की दूरी करीब सोलह किलोमीटर या कहीं आधा घंटा है और मनमाड से शिर्डी की दूरी करीब 65 किलोमीटर या कहें डेढ़ से दो घंटे हैं। शिर्डी आने वाले भक्तो की संख्या लगातार बढ़ रही है ऐसे में शिर्डी का अपना रेलवे स्टेशन बहुत ज़रूरी हो गया था। वर्ष 2000-2001 में शिर्डी से पुन्ताम्बा रेलवे स्टेशन तक एक नई रेल डालने का काम शुरू किया गया था मगर राज्य सरकार के ज़मीन स्थानांतरण करने में ज़्यादा समय लगने के कारण इस लाइन को अब 2009 में शुरू किया गया है।
28 फरवरी 2009 को रेलमंत्री लालू प्रसाद यादव ने साईंनगर शिर्डी रेलवे स्टेशन का उद्घाटन किया और शिर्डी - मुंबई पैसेंजर को झंडी दिखाकर रवाना किया। पुन्ताम्बा रेलवे स्टेशन, मनमाड - दौंड रेलवे लाइन पर मनमाड से 70 किलोमीटर और शिर्डी से 20 किलोमीटर दूर है। अभी तक यहाँ रोज़ एक ट्रेन चलाने का प्रस्ताव है मगर यात्रियो की संख्या और ज़रूरत को देखते हुए ये संख्या बढ़ाई जायेगी। साईंनगर शिर्डी रेलवे स्टेशन का प्लेटफोर्म 500 मीटर लंबा है जिसपर 22 कोच वाली ट्रेन आसानी से रुक सकती है। स्टेशन बिल्डिंग में 'प्रतीक्षालय' के अलावा यात्रियो की सुविधा के लिए एक रेल यात्री निवास भी बनाया जा रहा है। रेलवे स्टेशन का डिजाईन सांस्कृतिक परिप्रेक्ष को ध्यान में रखकर बनाया गया है।
श्रीसाईं बाबा संस्थान ट्रस्ट, शिर्डी रेलवे स्टेशन से यात्रियो को बस की सुविधा प्रदान करेगा जो यहाँ से श्रीसाईंबाबा संस्थान के 'श्रीसाईं भक्तिनिवास' तक होगी और ये सुविधा यात्रियो के लिए मुफ्त या बहुत कम पैसो में उपलब्ध होगी। शिर्डी में आने वाले यात्रियो की भीड़ को देखते हुए नगर पालिका के सहयोग से शिर्डी रेलवे स्टेशन और पिम्पल्वाडी रोड के बीच के सड़क बनाई जा रही है जिससे शिर्डी स्टेशन और समाधि मन्दिर क्षेत्र की मोजूदा दो किलोमीटर की दूरी घट कर एक किलोमीटर रह जायेगी
श्रीसाईं अपने भक्तो पर ऐसे ही कृपा करते रहे यही प्रार्थना है। -जय साईं राम